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肠道菌群基因组特征是(什么是人体微生物组计划(HMP)?)

来源:www.hn139.net   时间:2023-05-25 01:41   点击:149  编辑:admin   手机版

一、什么是人体微生物组计划(HMP)?

作为与人类共生的生命体,人体中的微生物都是以万亿数量级进行统计的。它们与生俱来,甚至我们出生时也携带着从母亲获得的菌群。它们与人类共进退,但我们却对如此忠诚的伙伴所知甚少。在2007年,美国国立卫生研究院一声令下,诞生了史上最大的人体微生物探索项目——人类微生物组计划(HMP)。

在过去十几年中,科学界在人类微生物研究上投入了超过17亿美元的资金,大部分相关的课题研究都来自于美国、欧洲、中国等地区。如此庞大的资金和研究链无不体现了科学家对人体微生物的关注。此前微生物学界也获得了不少突破性的进展,例如新生儿会从母亲获得关键性的微生物群;乳汁中无法消化的糖类可以促进婴儿肠胃中微生物的生长,而微生物成长后,又可以反过来增强婴儿免疫系统功能。但遗憾地是,这些零散的研究很难理清微生物群体、人体以及疾病这三者的关系。

但这一尴尬的局面在21世纪初期出现了转折,2005年开始,DNA测序技术的成本逐渐开始下降,美国国立卫生研究院(NIH)决定开展针对人体微生物群体的大型研究计划。2007年,美国投入了2亿美元启动了庞大的人类微生物组计划(Human Microbiome Project,HMP),旨在推进更先进的微生物领域的发展,包括更新计算分析工工具,临床标准以及建立微生物参考数据库。

HMP计划的第一阶段主要是指2007年启动至2016年,第一个十年的研究进展。在该阶段中,研究主要是分析身体五大部位的微生物群体,包括口腔、皮肤、鼻腔、肠胃道和泌尿生殖道,为了探究固定部位的微生物社群是否与人体的特定疾病存在联系。在第一阶段中,HMP制定了五大部位的临床样本标准。除此之外,HMP 还建立了各类微生物的全基因组序列,目前这些序列在NCBI上都能直接获取。

二、华大基因法人是谁?

汪建,

1954年6月出生,湘西人,华大基因创始人之一,现任华大基因董事长。

1990年至1994年受聘为华盛顿大学高级研究员,进行细胞分化与增殖相关性研究。1999年以来,一直从事基因组学研究,2008年后陆续启动炎黄计划、千人基因组计划及人类胃肠道菌群元基因组等研究工作。

2001年获北京市第一届留学人员创业奖,2001年获国家八六三计划十五周年先进集体:1%人类基因组计划课题组,2002年获香港求是科技基金会。

2020年2月26日,以120亿元人民币财富名列《2020世茂深港国际中心·胡润全球富豪榜》第1692位。

2020年8月26日,汪建获评“‘圳’能量 正青春”——深圳特区40周年“最受尊敬40位企业家”。

三、cdna文库比基因组文库少的原因?

基因组文库是直接将生物体的基因切下来导入到受体菌群中构成的,含有某生物的全部基因。cDNA文库则是反转录出来的,不含有基因的启动子,终止子,内含子等部分,所以比基因组文库少。

四、方舟humannpc怎么用?

方舟humannpc是一个用于计算肠道菌群分析的软件工具,可以对人类及其它动物的肠道微生物组进行定量和功能分析,并预测微生物的生物合成途径和代谢通路。使用方式如下:

1. 下载方舟humannpc并解压缩。

2. 准备输入文件,包括metagenomic样本的fasta和fastq格式的reads数据,以及代表性基因组或参考基因组的fasta文件。可以将这些文件放在同一个文件夹中,并指定该文件夹的路径。

3. 使用命令行窗口进入解压缩后的方舟humannpc文件夹,执行以下命令:`./humannpc path_to_input_files path_to_output_files -m <metadata> -t <threads>`。其中,`path_to_input_files`是包含输入文件的目录路径,`path_to_output_files`是输出结果的目录路径,`-m`选项用于指定元数据文件的路径,`-t`选项用于指定计算时使用的线程数。

4. 等待程序运行完成后,会生成多个结果文件,包括物种丰度表、功能注释表、KEGG和MetaCyc代谢通路等信息。可以使用文本编辑器或相关软件查看和进一步分析这些文件。

需要注意的是,方舟humannpc是一个命令行工具,需要一定的Linux操作技能和基础的生物信息学知识才能正确使用。建议在使用前仔细阅读软件文档并进行必要的数据预处理和参数设置。

五、大肠菌群的主要生理性质特点?

大肠杆菌是人和许多动物肠道中最主要且数量最多的一种细菌,周身鞭毛,能运动,无芽孢。主要生活在大肠内。

  1、大肠杆菌是细菌,属于原核生物;具有由肽聚糖组成的细胞壁医学教育|网,只含有核糖体简单的细胞器,没有细胞核有拟核;细胞质中的质粒常用作基因工程中的运载体。

  2.大肠杆菌的代谢类型是异养兼性厌氧型。

  3.人体与大肠杆菌的关系:在不致病的情况下(正常状况下),可认为是互利共生(一般高中阶段认为是这种关系);在致病的情况下,可认为是寄生。

  4.在培养基培养时无需添加生长因子,向培养基中加入伊红美蓝遇大肠杆菌,菌落呈深紫色,并有金属光泽,可鉴别大肠杆菌是否存在。

  5.大肠杆菌在生物技术中的应用:大肠杆菌作为外源基因表达的宿主,遗传背景清楚,技术操作简单,培养条件简单,大规模发酵经济,倍受遗传工程专家的重视。目前大肠杆菌是应用最广泛,最成功的表达体系,常做高效表达的首选体系。

  6.大肠杆菌在生态系统中的地位,假如它生活在大肠内,属于消费者,假如生活在体外则属于分解者。

  7.它的基因组DNA为拟核中的一个环状分子。同时可以有多个环状质粒DNA.

  8.大肠杆菌细胞的拟核有1个DNA分子,长度约为4 700 000个碱基对,在DNA分子上分布着大约4 400个基因,每个基因的平均长度约为1 000个碱基对。

六、沙丘保罗的儿子为什么是半人半虫?

1. 沙丘保罗的儿子叫做莱托,他之所以是半人半虫,是因为他接受了一种名为“沙丘之蚀”的变异基因。

2. “沙丘之蚀”是一种可以增强人类生理特征的基因,但是通过繁殖传递时会出现变异,导致后代出现虫类的生理特征。

3. 莱托之所以能够接受“沙丘之蚀”,是因为他的母亲是一名瓦伦女性,这种女性有着特殊的基因组,可以提高接受变异基因的能力。

4. 随着莱托逐渐成长,他逐渐发现自己拥有与虫类相似的功能和能力,如可以与蚂蚁和其他昆虫进行交流,感知沙丘的变化等等。

5. 虽然莱托的身体已经融合了虫类的生理特征,但是他仍然保留了人类的智慧和思考能力,成为了一位强大的领袖人物,能够引领人类在沙丘中生存和发展。

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