肠道菌群16s测序 药物(16srna测序是什么技术？)

一、16srna测序是什么技术？

16S测序可以对微生物核糖体RNA的特定区域或全长序列进行扩增子测序,获得群落的物种组成结构,掌握群落多样性变化。

二、宏基因组测序与高通量测序的区别？

高通量测序技术是一种测序技术，16S rRNA基因测序是一种测序策略，类似的策略还有基因组、宏基因组鸟枪法测序，转录组测序，宏转录组测序等，这些测序策略是通过高通量测序技术来实现的。

高通量测序技术的关键创新在于可逆终止PCR和荧光显微拍照的结合。详情如下：

第二代测序原理的详细解析！

16S rRNA基因也叫16S rDNA，16S rRNA基因测序是指通过PCR将微生物DNA中的16S rDNA扩增出来，由于测序读长限制一般只扩增1-2个区例如V3-V4、V4-V5区，扩增出来后通过高通量测序仪进行测序，从而获得序列信息，优点是成本低，缺点是无法获得功能基因，群落信息有限，目前优秀文章大都是宏基因组鸟枪法测序而不是16S rRNA。

三、16sRNA怎样鉴定细菌？

16s rRNA长度为1.5k多，作为菌种鉴定一般选择相似度97%的标准，相似度超过97%一般定义为同一种菌。

如果是sanger测序获得16s全长的都可以鉴定到种，甚至能区分亚种。

有些细菌并不只有1个16s序列，会包含有1-15拷贝的16s序列，所以单一的16s序列鉴定可能会出现偏差。

利用高通量如454或miseq测序一般由于读长的缘故，通常只有300-500多个碱基被测序，所以在物种鉴定上一般比较可靠的是能分类到属，部分能分类到种。根据我们的经验，不同的样品会有大约10-50的菌能分类到种。

利用新的分析方法，我们现在也可以利用16s rRNA的群落多样性高通测序数据进行亚种级别的分析。主要是利用16s中共同变化的SNP位点进行分型。这样可以大大提高菌种的分类精度，尤其是在有些菌株之间表型差异巨大的时候。